王匡一走，留下的张卬等人明白，樊崇何等军威，王匡此去，无异于以卵击石，怕是“黄鹤一去不复返”了。为了保全性命和富贵，他们毅然决定，重新拟定计划，同时找寻新的合作伙伴。这时的长安，平氏王申屠建主持朝廷日常事务，韂尉大将军、淮阳王张卬，执金吾、大将军、穰王廖湛，随王胡殷等三人则负责把持长安城中的军务。御史大夫隗嚣则被冷落在一边。可见此时的刘玄，已经极度不信任自己曾倚仗的御史大夫了。只是他没料到，“夫妻本是同林鸟，大难临头各自飞。”昔日一个个宣誓忠于自己的这些大臣们，竟然联合到一起，准备在九月立秋日这天，趁刘玄出席“膢腊社伏”典礼的机会，将其劫持，然后抢劫长安财宝，东归南阳。幸好这个计划被刘玄的一个臣下知道，告知了刘玄，刘玄才得以未雨绸缪、把握先机。最终，刘玄决定要诛除申屠建、张卬、胡殷、廖湛、隗嚣等五人为首的叛乱者，但只可智取，不可力敌。于是，他决意称病，让五人前来探望。隗嚣似乎有所觉察，趁着他们进宫、皇帝放松警惕的机会，准备逃出长安。也正是他，救下了张卬、胡殷、廖湛三人。皇帝刘玄计划等到五人悉数到齐之后，在一举拿下他们，斩草除根。可惜隗嚣一直没到，刘玄便决定等等，然而通过明察暗测，张卬、胡殷、廖湛三人纷纷发现不对劲，于是一个个相继找理由离开。只有一向聪明的申屠建此刻却是犯了糊涂，最终被刘玄抓住，斩首示众。
刘玄立马派人包围御史大夫府，同时搜捕张卬、胡殷、廖湛三人。这三人一路直接回到军营，带兵冲向御史大夫府。此刻邓晔正在猛烈地攻击御史大夫府，突然张卬、胡殷、廖湛带兵前来，两面夹击之下，邓晔顿时大败。隗嚣也趁势带兵西出长安，赶回天水，在那里重新召集旧部，控制了天水郡一带。从此，他自称“西州上将军”，割据一方，不再服从任何人的号令。而张卬、胡殷、廖湛三人，则迅速率领部队包围了皇宫，最终迫使刘玄仓皇逃出长安，奔赴新丰，投奔他的老丈人赵萌。
到达新丰，刘玄急忙命令王匡、陈牧、成丹来见他。陈牧、成丹等人不防刘玄设下陷阱，急忙应命来到刘玄帐下。刘玄二话不说，就命左右将这二人抓住，并问这二人，是否知道自己有罪。陈牧、成丹二人自知大势已去，遂没有多加辩驳，便被推出帐外斩首。王匡因为是主将，暂时幸免于难，但是“皮之不存，毛将焉附”？王匡知道，只要危机一过，皇帝就会对自己痛下杀手，于是，王匡迅速整合本部人马，返回长安。
此时，丞相李松带领的勤王兵赶到，偕同赵萌手下的军队，一起反攻长安。一个月之后，王匡等人败逃，刘玄重新做回更始皇帝，只是经此一役，本来就岌岌可危的更始政权，更加风雨飘摇。就连刘玄曾经发号施令的长乐宫也不能再住，刘玄只能搬到长信宫居住。
更始三年（公元25年）三月，赤眉军在蓩乡地区击败了丞相李松率领的更始军主力，全歼其部三万多人，打破了更始政权在东线的重要防线。从此以后，赤眉军一路高歌猛进，又接连攻陷湖县等更始重镇，作为自己暂时的立足之地。此时，赤眉军已经是拥兵数十万，更对更始政权的中心所在长安虎视眈眈。
本来，以更始政权和赤眉军的相对实力而言，赤眉军要获取长安，无异于探囊取物，容易之极。但是在这之前，樊崇还必须要册立一个皇帝，同时理清各级职能部门的关系，只有这样，才能约束流民军，让他们不至于到了千古名都长安之后，得意忘形、胡作非为。同时，也能够借此提高赤眉军的凝聚力和战斗力。
在此之前，隗嚣的军师方望，因拥立刘婴而被刘玄派兵剿灭身死。他的弟弟方阳逃往弘农郡，向赤眉军献降。方阳素有才智，被首领樊崇任用为谋士，参赞机务。樊崇亦是一介武夫，对于朝中各处机要及其职能，所知甚少，只能向方阳请教。方阳当然是知无不言、言无不尽。
其实，当今天下诸侯政权的官职部门设置，大多数都是仿效西汉旧制。方阳将这些惯例一一向樊崇解释说明，樊崇深以为善。
针对设立皇帝事宜，方阳亦建议立刘氏宗族子弟为皇帝，名正言顺地讨伐天下群雄。六月中旬，赤眉军行军到了郑县（今陕西华县）境内，樊崇召集诸首领议事，决议向四方访求一名刘氏子孙，将其立为赤眉天子。最终赤眉人马寻到了景王刘章的后裔三人，分别是刘恭、刘茂和刘盆子。这三人的家族家道中落，从小没有必要的教育，正好能够被樊崇这等人所控制。然而，赤眉众首领们却没有料到，竟然一下就寻到了三个合乎标准的人。到底应该册立谁为皇帝，让众人颇为为难。最终，通过抓阄的方式，刘盆子被流民军奉为应命天子。
天子既然册立，刘盆子自然要开始对这些功臣们封侯拜将，其中，樊崇为御史大夫，徐宣为丞相，逄安为左大司马，谢禄为右大司马，将领中自将军杨音以下都封为列卿。当然，实权都掌握在樊崇的手中，这徐宣虽然官居丞相，不过是拜樊崇不识字所赐。
樊崇的心结一解开，攻取长安的计划便开始着手施行了。开始之时，赤眉军还受到李松、赵萌、王匡、陈牧等人的顽强狙击，首次接战不利。但是不久，长安就祸起萧墙，内乱不止。樊崇则在这期间率领赤眉军主力扫荡关中北部各县，大肆掠夺粮食、辎重和财宝。九月，率领赤眉南下的樊崇在高陵大路旁边，意外地遇到了王匡、张卬等更始叛将，他们纷纷跪下，向自己乞降，樊崇自然大喜过望。
不久，流民军数十万大军齐集长安东都门外，不久便破城而入。可惜刘玄早就望风逃遁。樊崇急忙下令，追杀刘玄斩草除根。而此时的长安城内，也已经乱作一团。士兵们到此，在宵小将领的带领下，四处奔驰。不仅老百姓的身家性命得不到保全，就连更始官署都会遭遇大难。连刘秀的养父都差点死于乱军刀下，幸好最终为将领杨音所救。在杨音的秘密帮助之下，刘良率领家眷东逃，赶到洛阳去投奔刘秀。杨音也因为立下此次功勋，在赤眉兵败之后，非但没有受到责罚，反而为之拜将封侯。无独有偶，天下诸侯之中，如杨音这样良心未泯之人，倒是大有人在。其中，刘玄的部下赵熹就是这样一个典型，他千里送京娘，将刘氏一门宗亲子弟的妻子、儿女、母亲等亲人悉数保全，从长安送到南阳，让刘秀大为感激。而赵熹则从此退隐江湖、不问世事。直到二十五年之后，才被刘秀所知晓，刘秀一死，汉明帝刘庄继位，赵熹变成了辅佐他的重臣，成就一代名相的伟业。
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